《細菌戰(zhàn)》馬云飛(于震 飾)正在酒吧放浪形骸，正巧高寒(王麗坤 飾)親自下廚打電話讓他回去，馬云飛何堅(淳于珊珊 飾)只好離開酒吧。回家路上，兩人被哨卡攔截。詢問才得知，重慶周邊縣城--萬縣，正成為日軍細菌武器的投放區(qū)，萬縣成為瘟疫疫區(qū)，萬縣百姓淪落成為疫區(qū)災(zāi)民。
為了防止疫情蔓延，國軍只好沿途設(shè)哨卡，阻礙災(zāi)民進入重慶。兩人目睹了災(zāi)民的慘狀，感觸頗深。回到住所，高寒在馬云飛身上發(fā)現(xiàn)一根長發(fā)，正欲興師問罪，這時老于拜訪五特，希望五特能幫助軍統(tǒng)抓捕一名叫橋本三多的日軍細菌專家。
此人正是萬縣疫情的始作俑者！但是馬云飛對此事毫無興趣，打發(fā)老于離開。老于向戴笠(王新民 飾)匯報，戴笠卻成竹在胸，認為五特一定會接下任務(wù)。不出戴笠所料，歐陽的一通電話說服了馬云飛，五特決定接受任務(wù)--秘密抓捕橋本三多。
橋本正在對馬路大進行人體實驗，由于馬路大反抗，失手將實驗病毒注入橋本的助手石川的體內(nèi)，橋本不但不予救治，還將石川也當成了實驗新病毒的馬路大。橋本對新病毒的狂熱讓周圍的人不寒而栗。天皇特使中村(宋允皓 飾)來給橋本頒發(fā)勛章和晉升令，橋本卻并不感激，反而埋怨司令部不給他足夠的經(jīng)費和馬路大。
正巧試驗基地沒有足夠的馬路大，橋本不顧司令部的反對，讓基地長官渡邊上街抓人補充馬路大，中村心里不滿卻也不好發(fā)作。五特來到夏家梁，略施小計混過日偽的哨卡，卻正趕上渡邊圈街抓人，高寒為了解救一名女孩(二丫)不幸被日軍包圍。
渡邊在人群中挑選合格的馬路大，李智博(施京明 飾)、高寒、二丫都被選中，眼看幾人要被帶走，馬云飛何堅趕到與日軍交火，趁亂救出高寒和李智博。
