樸奇永(崔丹尼爾 飾)剛把U盤交給全宰旭局長，全局長就在電梯里被人殺害了，兇手帶著U盤不翼而飛。樸奇永還來不及為這重大變故而反應(yīng)時，警察便來到案發(fā)地點(diǎn)，他只得匆匆離去。這一切當(dāng)然還是趙賢敏(嚴(yán)基俊 飾)的安排，他的手下也在第一時間將U盤里的資料全部刪除。
全局長的案件被移交特殊搜查科，由申景修(崔政宇 飾)全權(quán)負(fù)責(zé)，這下案子根本無法查清。在趙賢敏的著力安排下，樸奇永被推到風(fēng)口浪尖，被所有人追捕。好不容易躲過層層圍捕的樸奇永悄悄和權(quán)隊(duì)長、江美見面，得知現(xiàn)在什么線索都沒有，連大哥組也消失了，樸奇永決定逼大哥組現(xiàn)身。
由于全局長的意外死亡，現(xiàn)在的搜查科由申景修全權(quán)負(fù)責(zé)，權(quán)隊(duì)長為首的搜查隊(duì)員對他滿懷戒心，不讓他接觸有關(guān)CK電子的一切證物。就在隊(duì)員們開會的時候，樸奇永行動了，他用哈迪斯的手法入侵警察局電腦，并留下警告說電腦中的SAFE-TECH殺毒軟件是黑客軟件，在警局內(nèi)造成恐慌。
很快搜查隊(duì)便接到消息，哈迪斯不僅入侵了警局，他還大肆入侵所有政府及公開場所，一時間只要是聯(lián)網(wǎng)的電腦都被哈迪斯病毒入侵。樸奇永的做法在社會上引起巨大恐慌，SAFE-TECH的銷量直線下降，股票也跌了好多。
警察在哈迪斯的家里找到了來這里查看情況的勝妍，便將她抓回警局，幸好權(quán)隊(duì)長來看她，表示一定會盡快放她出來。各大政府機(jī)關(guān)在一起開會，權(quán)隊(duì)長建議國家情報局對SAFE-TECH的殺毒軟件重新審定，申景修贊同他的話，于是針對殺毒軟件的審查和哈迪斯的追蹤同時展開。
趙賢敏對這一連串的變故根本毫不在意，他最關(guān)心的是CK電子軟件的回收，而這時正在秘密地點(diǎn)分析軟件李泰鈞經(jīng)過一番努力終于完成了文件重組，他立刻將文件傳給權(quán)隊(duì)長。權(quán)隊(duì)長的電腦早已被大哥組所監(jiān)視著，很快大哥組便通過這份郵件的傳送找到李泰鈞的位置，這次姜應(yīng)真決定親自去找李泰鈞收回原件。
姜應(yīng)真離開后，大哥組的人稍稍放松了警惕，樸奇永趁機(jī)入侵他們的電腦，查出其所處的位置，與權(quán)隊(duì)長急速趕往那里。可是到了那里卻發(fā)現(xiàn)IP地址竟然在不停地更換，樸奇永找出地圖發(fā)現(xiàn)大哥組的人很可能藏在一輛大卡車?yán)铮瑑扇肆⒖谭诸^行動，可是這時敵人發(fā)現(xiàn)了追蹤軟件，將電腦切斷。
樸奇永正在焦急時意外看到對面駛來一輛奇怪的大卡車，他意識到大哥組很可能就在里面，急忙追上去，并將卡車的照片發(fā)給權(quán)隊(duì)長。姜應(yīng)真來到李泰鈞所處的位置，這時李泰鈞剛把電腦中的資料刪除，根本沒來得及離開，正好與姜應(yīng)真撞上。
就在姜應(yīng)真威逼他交出軟件的時候，江美帶著人及時出現(xiàn)將他抓捕。另一邊權(quán)隊(duì)長和樸奇永也成功將那輛卡車攔截，一舉抓獲大哥組的所有人。樸奇永看到那個殺死全局長的兇手，忍不住上前揍他一拳，再將其捕獲。這一次搜查隊(duì)可謂是大豐收，不僅抓獲大哥組的全部成員，還保留了所有的數(shù)據(jù)證據(jù)，包括SAFE-TECH殺毒軟件的源頭。
樸奇永和權(quán)隊(duì)長都很激動，他們親手將所有證據(jù)保存下來，并制作許多的副本帶回警局分析。聞訊而來的申景修前來查看情況，并問權(quán)隊(duì)長是否和“金宇炫(蘇志燮 飾)”一同參與抓捕行動，企圖將這次行動的證據(jù)抹黑。權(quán)隊(duì)長毫不客氣地說姜應(yīng)真與申景修是同鄉(xiāng)，這之間的牽扯更大，并將那一大堆副本展示給申景修，暗示他這一次再不會有機(jī)會銷毀證據(jù)。
SAFE-TECH被沒收，趙賢敏第一時間擺脫與大哥組的聯(lián)系，將自己同SAFE-TECH的撇清關(guān)系，這時趙賢敏已經(jīng)意識到自己最大的敵人不是證據(jù)而是樸奇永。權(quán)隊(duì)長開始審問姜應(yīng)真，但他死咬著就是不說出幕后指使。
不止他，所有大哥組的人都不肯指證趙賢敏，搜查隊(duì)也找不到任何與趙賢敏有關(guān)的證據(jù)。就在樸奇永和權(quán)隊(duì)長為此發(fā)愁的時候，又一件事發(fā)生了，宇炫的兒子善宇失蹤了。三人急忙去查看情況，樸奇永來到那個游樂場卻發(fā)現(xiàn)善宇正和趙賢敏在一起。
趙賢敏用善宇和金錫均的命威脅樸奇永，要他不再插手世強(qiáng)的事。樸奇永明白趙賢敏是要他死，仔細(xì)思考之后，他有了一個計(jì)劃。深夜，樸奇永獨(dú)自待在他的《紀(jì)實(shí)故事》雜志社，回想起當(dāng)年離開警校的經(jīng)過，想起宇炫死的那個夜晚，想起自己整容成宇炫的經(jīng)過，更加的心煩。
趙載敏殺害南尚元的案子終于開始最終審判，檢察官發(fā)表結(jié)案陳詞，決定對他施以15年有期徒刑。眼看趙載敏要進(jìn)監(jiān)獄，趙賢敏正在高興時，一個聲音打破他的興致。樸奇永突然出現(xiàn)在法庭，以“金宇炫”的身份說南尚元死亡當(dāng)晚自己就在現(xiàn)場，并指認(rèn)真兇就是趙賢敏。
