天庭中有個刁蠻潑辣的小魔女神農女，一直狂戀著吳夲，見到玉帝要緝捕吳夲，她急忙趕赴人間，希望在李天王抓到吳夲之前，先找到他，帶他回天庭自首，減輕罪責！吳夲并不知道他私到人間已經(jīng)在天庭掀起了一場滔天風波，他見到的是滿目瘡夷，遍地哀鴻，瘟疫肆虐。
吳夲心急如焚，可是人神殊途，神仙沒有辦法直接打救眾生，治療疾病，還須借助凡人手，吳夲找到了閩南最大的醫(yī)坊，把對付瘟疫的秘方傳授給醫(yī)坊坊主史威，史威是閩南最負盛名的大夫，他的醫(yī)坊總是擠滿了求醫(yī)的人，如果有了保生大帝(鄭少秋 飾)的秘方，醫(yī)坊就可以救活無數(shù)病人，然而秘方交出甚久，瘟疫依然蔓延不止，保生大帝的秘方不靈了！
保生大帝詫異之余，化成凡人，來到醫(yī)坊明察暗訪，這才發(fā)現(xiàn)史威得到秘方之后，并未用來救治百姓，反而用高價賣給有錢人，著實發(fā)了一筆瘟疫財。此時神農女追到吳夲，并且告訴他：并不是人間缺少醫(yī)藥，缺少高明的醫(yī)術，而是人心不古，醫(yī)道不存，醫(yī)德敗壞，她勸吳夲速速返回天庭，以免遭到玉帝懲罰。
吳夲顧不得這些，瘟疫一天天蔓延，千村薜藶，萬戶蕭疏，身為保生大帝，他豈能置身事外？神農女說人性本惡，凡人不值得救，吳夲說人性本善，他要尋找一個最誠實最善良的年輕人，將他培養(yǎng)成一代名醫(yī)，戰(zhàn)勝瘟疫，拯救蒼生！
