程慈航(喬振宇 飾)找到了莫采石(巫剛 飾)藏在辦公室的鐵匣子，知道五九檔案一開(kāi)始就是莫采石策劃的騙局，所有知道五九檔案秘密的人都知道意味著什么，戰(zhàn)爭(zhēng)狂人眼里它是世界上最先進(jìn)的生化武器，但是在程慈航的眼里，是日本侵略者殘害中國(guó)同胞的所有證據(jù)，莫采石精心策劃這么一個(gè)騙局，從最開(kāi)始中央博物院失竊案經(jīng)手此事的肖主任被殺，最后五九檔案流落江湖，五九檔案事件一天不破，美國(guó)人就得不到資料，他們委員長(zhǎng)手里就多了一張和國(guó)際談判的砝碼。
一開(kāi)始莫采石就不想程慈航接這個(gè)案子，不想他知道這個(gè)可怕的真相，但他是軍人，服從命令是天職，準(zhǔn)備用五九檔案作為條件，爭(zhēng)取一筆可觀的軍事援助，程慈航知道莫采石的這個(gè)鐵匣子也是假的，因?yàn)樗靼啄墒奈瘑T長(zhǎng)不可能將那么重要的東西放在他手中。
小野跟中田(任大為 飾)匯報(bào)程慈航和錦線勾結(jié)上了，中田交代小野盯住程慈航，做好準(zhǔn)備，隨時(shí)行動(dòng)。程慈航打開(kāi)鐵匣子，雖說(shuō)里面的資料是日文，但他知道并不是日本五一一部隊(duì)生化武器的資料，因?yàn)樗砩嫌蟹菡娴模钱?dāng)初小玉給他的。
莫采石這才想起，一九四五年九月九日上午，他將日軍五一一部隊(duì)生化武器資料放在中央博物院的庫(kù)房，下午委員長(zhǎng)侍從室的唐主任就帶著委座的委諭執(zhí)行命令，在他去之前委員長(zhǎng)就調(diào)包了。程慈航告知真的五九檔案在藏金閣里，不過(guò)必須要有兩樣?xùn)|西，委員長(zhǎng)的手諭和中正劍，而此次抱定了赴死的決心，奪回五九檔案。
莫采石一直為擁有中正劍驕傲，說(shuō)過(guò)劍在人在，但現(xiàn)在他要食言了，將中正劍交給程慈航，而他唯一的期望就是無(wú)論發(fā)生什么事，程慈航都能活下來(lái)。哈金斯跑來(lái)興師問(wèn)罪，他國(guó)已經(jīng)答應(yīng)交易，莫采石為何中止交易，此時(shí)莫采石派人將哈金斯抓起來(lái)，隨后自殺了。
霍然(屈剛 飾)接到電話得知程慈航拿著中正劍去了藏金閣，霍蜜兒(郭曉婷 飾)知道只要霍然前去，程慈航就會(huì)有危險(xiǎn)，于是將霍然鎖住，只身去了藏金閣。程慈航帶著中正劍和委員長(zhǎng)的手諭去了藏經(jīng)樓，拿出了五九檔案，并在樹(shù)林里跟錦線匯合，隨后趕來(lái)的霍蜜兒發(fā)現(xiàn)埋伏在一旁的中田他們，趕緊開(kāi)槍示警，一陣火拼后，中田追逐拿著鐵匣子的程慈航，霍蜜兒為了程慈航被中田殺害，程慈航憤怒親手殺了中田。
一九四六年五月三日，遠(yuǎn)東國(guó)際軍事法庭正式開(kāi)庭，五九檔案作為其中不可或缺的有力證據(jù)揭露了日本軍國(guó)主義對(duì)外戰(zhàn)爭(zhēng)下犯下的滔天罪行并得到應(yīng)有懲罰，這是一次世界人民對(duì)日本法西斯的正義審判，伸張了和平與正義。。。
