1940年，具有繪畫特長(zhǎng)且會(huì)說漢語的荒川良平在北海道參加拓殖委員會(huì)的面試。面試通過的他作為特招人員，被日本派遣到關(guān)東軍防疫給水部。白山丸號(hào)輪船載著一批特招人員經(jīng)過對(duì)馬海峽，抵達(dá)大連港的大連馬頭，又乘坐亞細(xì)亞號(hào)走南滿鐵路，千里迢迢來到哈爾濱的關(guān)東軍防疫給水部。在亞細(xì)亞號(hào)火車上，被招入防疫給水部少年班的成田一男，跟荒川良平主動(dòng)搭話。兩人就此結(jié)識(shí)，一同被送往防疫給水部。
荒川良平在本部正門被放下，其余少年班的成員則被送往教育部報(bào)到。雖然抵達(dá)了防疫給水部，但能否留下，全靠荒川良平的本事。長(zhǎng)官給他下達(dá)的任務(wù)是在一周內(nèi)畫出防疫給水部準(zhǔn)確的全境地圖。荒川良平被安排和攝影班的高橋明彥一個(gè)宿舍，后來才知道此舉用意。利用高橋明彥拍的照片，可以幫助荒川良平繪制出地圖。可是高橋明彥卻告訴他，自從搬過來后，防疫給水部的很多地圖數(shù)據(jù)便是錯(cuò)的。
荒川良平一個(gè)一個(gè)地方地測(cè)量，途中見過成田一男一次。可那時(shí)成田一男騎了一次馬就受到懲罰，事后荒川良平不解，高橋明彥告訴他，因?yàn)槟切R是病馬。這里是防疫給水部，匯聚了很多醫(yī)學(xué)專家。可以把防疫給水部看成是一個(gè)醫(yī)學(xué)大學(xué)，專門用于研究生產(chǎn)改變戰(zhàn)爭(zhēng)的生化武器。荒川良平只差行政部沒有測(cè)量，但看門的人請(qǐng)示過后卻不允許他進(jìn)去，他只好在外面大致測(cè)量行政部的外圍。
測(cè)量時(shí)，荒川良平無意發(fā)現(xiàn)一個(gè)井蓋，他順著井蓋爬入地下通道，從骯臟的下水道中撈出了一個(gè)人眼，他登時(shí)就嚇醒了，原來一切都是夢(mèng)境。行政樓的神秘，催生出這個(gè)可怕的夢(mèng)境。一周后，荒川良平順利繪制出防疫給水部的全境平面圖，并得以留在防疫給水部工作。外出采購(gòu)回來，正碰上佟長(zhǎng)富被壓在地上，頭上被頂著一把槍。荒川良平告訴吉田長(zhǎng)官，牌子上寫著吉川貿(mào)易公司。
此舉無意中救了佟長(zhǎng)富一命，吉田讓他轉(zhuǎn)告佟長(zhǎng)富，以后防疫給水部會(huì)跟吉川貿(mào)易定期采購(gòu)蘋果。正式入職后的荒川良平由高橋明彥帶到四方樓，見到吉村。荒川良平怎么也沒想到，自己正式入職后的第一個(gè)任務(wù)，竟是給被凍傷的人畫腐爛手腳的畫像。畫完之后，荒川良平便吐了。多年同班同學(xué)柄澤十三夫也在這兒，面對(duì)荒川良平的疑惑，柄澤告訴他，這里在做解救人類的偉大事項(xiàng)。
除了給人繪畫，偶爾荒川良平也會(huì)跟著長(zhǎng)官外出，記錄稻田的生長(zhǎng)情況。順道有一位軍人家屬跟著回去探親，回來后腿上被一只小蚜蟲給咬了，她一把將蚜蟲給捻死。在防疫給水部工作的時(shí)間越長(zhǎng)，荒川良平對(duì)這里的工作內(nèi)容漸漸有了一個(gè)大概的印象。細(xì)菌、麻風(fēng)病在這里屢見不鮮。他本能地懼怕這些東西，總是會(huì)被各種幻相嚇到。
有一天晚上，郁悶的荒川良平出去抽煙，碰見想逃走的川口聰老婆。她并不是啞巴，被蚜蟲咬傷的地方出現(xiàn)感染，她想離開這里，但川口聰不讓，不得已半夜偷偷想跑掉，不料碰上荒川良平，她哀求他讓她離開這兒。
