1916年10月,孫科已學(xué)成畢業(yè),孫中山命他回國效力。朱執(zhí)信帶來黃興病重的消息。孫中山前往探病,病榻前黃興拉著孫中山的手,帶著對革命的憧憬與世長辭。1917年4月,段其瑞借一次世界大戰(zhàn)出兵歐洲之機和黎元洪爭權(quán),張勛趁機挑動各省軍閥自制。
7月,張勛和康有為等人扶植12歲的溥儀復(fù)辟。孫中山準備南下廣州組織擴法運動。臨行前和慶齡去看望病重的宋嘉樹,宋嘉樹終于原諒了兩個人。1917年7月25日,孫中山在廣州成立軍政府開始護法戰(zhàn)爭。由于桂系軍閥把持財源,軍政府的財政十分困難。
孫中山意識到要想革命勝利,必須組建自己的軍隊。孫中山準備讓陳炯明改編廣州警衛(wèi)軍,二十個營,八千人建成護法軍。廣州督軍莫榮新殺害無辜,孫中山下令炮轟他的駐軍。莫榮新一面假意請罪,一面買通刺客暗殺孫中山,暗殺行動被粉碎,但區(qū)蘭在戰(zhàn)斗中犧牲。
1918年5月20日桂系軍閥勾結(jié)北洋軍閥,改組軍政府,孫中山憤然辭職,再度返回上海。孫中山臨行前囑托陳炯明看好自己的革命隊伍。返回上海途中,慶齡受到電報,宋嘉樹因病去世。